Geologie und Klima bestimmen die Natur des Nationalparks. Altholzreiche Buchenwälder mit eingestreuten Hangmooren, den sogenannten Brüchern sind auf der Hälfte der Fläche typisch. Dazu kommen Fichtenbestände, die naturnahen Wäldern weichen sollen. Der Nationalpark Hunsrück-Hochwald ist ein Entwicklungsnationalpark. Das Leitziel „Natur Natur sein lassen“ wird insbesondere in der Anfangsphase durch einige waldbauliche Maßnahmen begleitet. Die Fichten sind hier nicht standortheimisch. Sie sind vom Menschen gepflanzt worden, um schnell den Rohstoff Holz zu liefern. Dabei stehen sie zuweilen auf Flächen, wo Moore entwässert worden sind. Jetzt werden nicht nur Gräben geschlossen, um Moore zu renaturieren. Es werden auch standortheimische Baumarten gepflanzt, um so die Natur auf dem Weg zurück zur Natur zu unterstützen.
Doch nicht nur Bäume bilden die Pflanzenwelt des Nationalparks. Auch fleischfressende Pflanzen wie der Sonnentau sind zu finden. Gerade in der Pflegezone des Nationalparks leben auch Wollgras, Narzissen und Orchideen aber ebenso das sehr bekannte Heilkraut Arnika.